Агенцията се ръководи и представлява от директор. При осъществяване на своите функции директорът на агенцията се подпомага от четирима заместник-директори.

В отсъствие на директора той се замества от определен със заповед на министъра на финансите заместник-директор.

Директорът на агенцията:

1. представлява агенцията;

2. осъществява ръководство и контрол върху изпълнението на нейните функции и задачи;

3. ръководи пряко дейността на Централното митническо управление;

4. планира, разпределя и контролира използването на предоставените бюджетни средства и собствени приходи на агенцията;

5. назначава държавните служители и прекратява служебните правоотношения с тях;

6. сключва, изменя и прекратява трудовите договори с лицата, работещи в агенцията по трудово правоотношение;

7. разрешава отпуските и командирова служителите на агенцията;

8. утвърждава правила за организацията и дейността, вътрешния ред, работната заплата и наградите в агенцията;

9. утвърждава длъжностното разписание на агенцията;

10. издава удостоверения за завършен курс на обучение за повишаване професионалната квалификация на служителите в митническата администрация;

11. издава наказателни постановления в случаите, определени със закон;

12. издава индивидуални административни актове в рамките на своите правомощия;

13. предлага на министъра на финансите или на определен от него заместник-министър мерки по определяне на митническата политика;

14. предлага на министъра на финансите или на определен от него заместник-министър сключване на международни договори и присъединяване към международни конвенции в митническата област;

15. осъществява сътрудничество с други органи по формирането, изпълнението и контрола на дейностите, касаещи митническите въпроси;

16. изпълнява други функции, възложени му със закон или с друг нормативен акт.